Выполнение этой команды:
$ mvim main.py
Отлично открывает файл в MacVim, но также регистрирует эту ошибку на консоли:
Can't open input server /Library/InputManagers/MultiClutchInputManager.bundle
Я в некотором роде Mac OSX noob.
Идеи
Это не имеет ничего общего с MacVim.
Вы установили (прямо или косвенно) InputManager, который либо не может присоединиться к процессу MacVim, либо поврежден / потерян, либо как-то еще.
Я предлагаю вам написать автору MultiClutch о вашей проблеме.