Предполагая, что формат uuid содержит только шестнадцатеричные числа с дефисами между ними и этим числом символов между каждым гипеном: 8, 4, 4, 4, 12. Я также предполагаю, что они находятся на отдельной строке.
awk '
{
if ($0 ~ /^[a-fA-F0-9]{8}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{12}$/)
{
system("uuidgen")
}
else
{
print $0
}
}' file-with-uuids > new-file-with-uuids
# To override the old file with the new:
mv -f new-file-with-uuids file-with-uuids