Машина, на которой я сейчас работаю, не имеет IE, поэтому мне придется немного угадать - извините.
Элемент баннеров перемещается влево и имеет левое поле. Это классическая проблема с IE - если вы плаваете в каком-то направлении и у вас есть запас на той стороне, то запас увеличивается вдвое. Решение: поместите поле справа от того же значения на элемент, с которым вы плаваете. В качестве альтернативы, можно увеличить ширину баннера, поместив отступ слева внутри вместо поля слева.
У MenuNav та же проблема - левое поле и плавающее левое. Опять же, в IE (я думаю, 6,7 и 8) поля удваиваются, когда они находятся на той же стороне, к которой вы плаваете.
В нижнем колонтитуле единственное, что я вижу, является подозрительным - это отрицательное поле сверху. Это игнорируется некоторыми браузерами, а не другими - такова вероятная причина вашей проблемы.
Надеюсь, что это помогает - но, как я уже сказал, включает в себя немного догадок.