Определите свой пользовательский класс как сервис, а затем добавьте в него зависимости.
Ex:
// services.yml
services:
my.custom.service.id:
class: My\Custom\Class
arguments:
- @service.name
- @doctrine.orm.entity_manager
Конструктор вашего пользовательского класса получит эти службы в качестве аргументов.
Обязательно ознакомьтесь с Сервисным Контейнером в официальных документах. Все это подробно описывается.