Вы можете добавить к своему include_path .
Либо добавьте текущий каталог, где находится header.php, либо создайте папку с именем include где-то на вашем сайте и добавьте ее в путь включения.
Вы можете обновить include_path в php.ini (самый простой) или сделать это программно следующим образом:
set_include_path(implode(PATH_SEPARATOR, array(
'/path/to/your/includes',
get_include_path(),
)));
Программный метод работает хорошо, но если большинство ваших файлов не обслуживаетсячерез общий сценарий (то есть шаблон фронт-контроллера), вам нужно будет скопировать этот код во все ваши файлы, что не идеально.Иногда вы также можете использовать .htaccess для установки include_path, но только если PHP является модулем Apache.
Пока ваша структура довольно статична, нет ничего плохого в том, что включает в себя использование ../ либо.