Не кодировать. Вам не нужно - вы кодируете, когда отражаете пользовательский ввод в свой вывод. Я бы предположил, что когда вы обрабатываете пароль, вы просто помещаете его в базу данных (после хеширования и засолки), и он никогда не выводится. Поскольку он никогда не выводится в HTML, вам не о чем беспокоиться.