На мой взгляд, как в режиме отладки для просмотра Site.css используйте ее, а при компиляции в режиме выпуска просмотр с использованием сайта CSS-min.css.
Примерно так:
# if (Debug)
/ / CSS
# elif (Release)
/ / CSS Min-
# endif
Но, на мой взгляд, .cshtml