Xml был де-факто методом указания конфигурации, когда Spring был в зачаточном состоянии. Начиная с весны3 можно использовать аннотации вместо xml.
Однако вам все равно потребуется сначала загрузить контекст пружины (с использованием файла конфигурации xml), а остальная конфигурация на основе пружины будет загружена посредством аннотаций пружины.
Да, вы можете указать файл свойств отдельно для пар имя-значение
<context:property-placeholder location="classpath:filename.properties"/>