Это звучит как правильный подход для меня, просто убедитесь, что вы делаете резервные копии (полные и проверенные резервные копии , что вы сделали тестовое восстановление ) и попробуйте первые пару сайтов в вашей среде разработки. Вам нужно убедиться, что вы получили правильные коды магазинов в разделе «Управление магазинами», но это довольно просто.
Из интереса, почему они разделяются? Я не могу представить слишком много веских технических причин для раскола?