У меня была такая же проблема, и я мог решить ее следующим образом:
Сначала я удалил Java EE SDK и JDK, мне пришлось вручную удалить каталог \ glassfish3. Затем я очистил свои установки Java, в частности избавился от 32-битной JRE 6. Я оставил 64-битные JRE 6 и 7 на машине.
Затем я снова установил JDK и после этого Java EE SDK. В начале этой установки я получил сообщение о том, что не удалось найти среду выполнения Java, и что мне нужно запустить программу установки с параметром -j, чтобы указать расположение среды выполнения Java. Итак, я побежал:
C: \ Users \ myuser \ Downloads \ java_ee_sdk-6u3-windows-ml.exe -j "C: \ Program Files \ Java \ jre7"
Установка прошла полностью, в конце я получил сообщение о том, что какая-то конфигурация не удалась, потому что не удалось найти другой путь (возможно, не указан путь к файлу паролей). В html-отчетах говорится, что все в порядке, все установлено и настроено правильно.
Теперь я могу успешно запустить инструмент обновления. Похоже, что 32-битная установка Java была на пути.