В режиме моментального снимка файл .project можно перевести в состояние «похищенный» (даже для возможно динамическое представление *1006*).
Просто сделайте его доступным для записи с ОС (то есть без операции ClearCase) через ОС (chmod для Linux, свойства файла для Windows).
При следующем обновлении представления снимка этот «захваченный» файл не будет изменен.
Когда вы закончите, вы сможете «отменить» угон этого файла, если не было внесено никаких существенных изменений.