Я думаю, я понял это, на самом деле. Я не уверен, что это лучший метод в этом случае или нет, но я устал бить головой об стол.
1.) Итак, я посмотрел эту статью поддержки MS и заметил, что пользователь SYSTEM должен иметь полный контроль над ... \ Crypto \ RSA \ MachineKeys dir, а мой - нет есть СИСТЕМА в списке. Таким образом, я изменил разрешения там (это также совпало бы с SO Question # 11887 ).
2.) Удалил сертификаты, которые я создал ранее, и заново создал их.
3.) Открыл certmgr, нашел сертификат, пошел в реквизит и поставил конкретную цель.
Теперь Get-ChildItem cert:\CurrentUser\My -codesigning
возвращает отпечаток, и я могу подписывать сценарии.
Я не уверен, почему моя установка была такой или необычной, но я никогда раньше не затрагивал каталог MachineKey. Но, похоже, сейчас работает.