Конечно; просто укажите постоянный координатор хранилища (NSPersistentStoreCoordinator) на разные базы данных, если необходимо.
Постоянные координаторы магазина поддерживают добавление и удаление магазинов. При удалении вы хотите убедиться, что в памяти нет несохраненных изменений (очевидно) и, как правило, вы не будете связываться с какими-либо объектами, извлеченными из удаленного хранилища после удаления.
Будьте осторожны, так как Базовые Данные не поддерживают отношения, когда объекты на обоих концах находятся в разных хранилищах.