По-прежнему используйте .val("0")
для установки значения, а для обновления в браузере необходимо использовать одно из следующих:
.trigger("liszt:updated");
или
.trigger("chosen:updated");
Всего одинбудет работать, в зависимости от того, как вы создадите ваш выбор.
Это будет примерно так:
$("#Your_select").val('0');
$("#Your_select").trigger("liszt:updated");