Пользовательские столбцы должны быть добавлены с помощью свойства viewFields:
var viewFields = xmlDoc.CreateNode(XmlNodeType.Element,"ViewFields","");
viewFields.InnerXml = "<FieldRef Name='Field1' /><FieldRef Name='Field2'/>";
var result = listsvc.GetListItems("List_Name", null, ndQuery, viewFields, null, ndQueryOptions, null);
Дополнительная информация о msdn (полный образец там)