Самое простое решение - взять абсолютное значение:
var calc = Math.abs(fRandom - sRandom);
Но так как вы также перечисляете первое и второе числа, вы, вероятно, захотите отсортировать значения и восстановить их, используя значения min и max:
var bigRandom = Math.max(fRandom, sRandom);
var lilRandom = Math.min(fRandom, sRandom);
var calc = bigRandom - lilRandom;
number.innerHTML += "" + bigRandom + " - " + lilRandom + " = " + calc + "<br />";