Я не уверен, что вы уже решили это, но у меня была такая же проблема только сейчас. Все, что я сделал, чтобы это исправить, - это выбрал новый сервер из списка, который был предоставлен, когда вы щелкнули «решить эту проблему» после щелчка правой кнопкой мыши на своем веб-проекте. Я выбрал apache tomcat, а не пакетную версию, а ту, которую я установил на свой компьютер, и настроил сам. Затем проект принял это в качестве правильного сервера и отлично работал.