Вы не упомянули, используете ли вы SQL Management Studio или нет, но если вы это сделаете и нажмете «Изменить» в существующей хранимой процедуре (я полагаю, это то, что вы сделали), то MS просто генерирует шаблонный сценарий на основе содержимого существующей хранимой процедуры.
Вы можете рассмотреть возможность определения своих хранимых процедур в отдельном файле сценария, который выполняет и ALTER PROCEDURE, а также любые другие параметры, которые вы хотите вне sproc (например, SET XACT_ABORT ON). Таким образом, вы получаете больше контроля и можете просто выполнить скрипт для обновления sproc.