1) сделать файл доступным только для www-данных.
2) никогда не используйте комбо-имя пользователя / pw, которое имеет больше привилегий, чем необходимо (например, нет предоставления, отбрасывания, создания и т. Д., Только выберите вставку)
3) заставляет mysql принимать соединения только от 127.0.0.1
Если кто-то имеет доступ к вашему ящику, у вас больше проблем, чем беспокоиться о пароле базы данных ваших приложений.