Одной из основных целей, которая отслеживается при разметке папок (в версиях), является управление доступом.
Если есть необходимость в разделении команды разработчиков (которая работает на магистрали) и команды поддержки (тех, кто работает с ветвями), эта структура хороша:
/trunk
/Project1
/Project2
/branches
/Project1
/Project2
/tags
/Project1
/Project2
И если мы хотим разрешить доступ каждого проекта к определенной группе пользователей, эта структура хороша:
/Project1
/trunk
/branches
/tags
/Project2
/trunk
/branches
/tags