Вы только что сделали. Так получилось, что посередине находится символ новой строки.
$pwd=`pwd`;
chomp($pwd);
my $string = $pwd . "/.somename";
print "$string";
Как говорится ... не делай этого. Вы должны использовать cwd()
use Cwd;
my $string = cwd() . "/.somename";
print "$string\n";