Это предупреждает вас, что место, куда он устанавливается, не будет местом, откуда Python загружает модули.
Чтобы проверить, какие каталоги есть, просто запустите python, а затем выполните
import sys; print sys.path
Это должно дать вам все каталоги, которые работают.Возможно, вам придется переопределить префикс установки в качестве аргумента для установки.