У меня есть что-то вроде этого:
<table style="height:100%">
<tr><td style="height:250px;"></td></tr>
<tr><td style="height:100%;"><div style="height:100%;"></div></td></tr>
</table>
В Firefox это работает хорошо, таблица соответствует размеру окна, а второй tr заполняет оставшееся пространство снизу, но в IE divсо второго тд имеет высоту окна и это вызывает полосу прокрутки.
Вот код: http://jsbin.com/uruki4