hh.exe не может открыть файлы в банке. Вам нужно либо написать некоторый код, скопировать содержимое Toolkit.getDefaultToolkit().getClass().getResource("/resources/UserAcountHelpNew.chm")
в место в файловой системе, либо распространить этот файл вместе с исполняемым jar.
Причина, по которой он работает в Eclipse, в том, что у вас, вероятно, есть файл в файловой системе. При изменении вашего рабочего каталога hh.exe больше не может найти файл.