Вы можете настроить Инициализатор базы данных для создания индексов
public class MyInitializer : CreateDatabaseIfNotExists<MyDbContext>
{
protected override void Seed(MyDbContext context)
{
//your logic here
context.Database.ExecuteSqlCommand("CREATE INDEX IX_Products_Code ON dbo.Products ( Code )");
}
}
Затем вы можете настроить инициализатор при запуске
Database.SetInitializer<ProductCatalog>(new MyInitializer());