Если вы декодировали файл в объект String, значит, вы сделали свою работу. Теперь эта строка представлена средой выполнения .NET таким образом, что вас это не должно волновать.
Возможно, у вас есть какое-то ограничение на кодировку символов, то есть ASCII, utf-8 и так далее. Если это так, вы можете использовать класс Encoding и его служебные методы для преобразования.
Encoding.Convert () на MSDN