«Правильный» способ сделать это - попытаться войти, используя эти учетные данные. Вы не можете получить учетные данные из ОС, потому что они не хранятся в виде открытого текста.
У вас есть много способов войти в систему. В Linux вы можете использовать SSH. Используйте одну из доступных библиотек Java SSH (например, Jsh). Отправьте свои учетные данные и посмотрите, есть ли у вас логин. То же самое для окон, но там вы можете использовать WMI. Рекомендуются следующие библиотеки WMI: JaWin, Jintegra, Jinterop.
Вероятно, Jinterop - лучший выбор, потому что он бесплатный и является чистой реализацией Java, поэтому он кроссплатформенный по определению: вы можете работать в Linux и войти в систему на удаленной машине Windows. Jintegra то же самое, но не бесплатно. JaWin - это JNI-оболочка, поэтому приложение должно запускаться в Windows.