Возьмите один HashMap из Integer и jCheckBox, как это снаружи, для цикла в качестве переменной intance:
Map<Integer,JCheckBox> map = new HashMap<Integer,JCheckBox>();
for (j=0;j<j1;j++){
final JCheckBox cb = new JCheckBox("");
cb.setText(col_name);
mainPanel12.add(cb,BorderLayout.NORTH);
mainPanel12.repaint();
map.put(j,cb);
...
}
внешний цикл, который вы можете использовать следующим образом;
JCheckBox = map.get(index_value_of_checkbox);
или
for(int i = 0; i<map.size(); ++i)
JCheckBox cb = map.get(i);