Используете ли вы какие-либо запросы AJAX на вашей платформе. Идентификатор сеанса восстанавливается по умолчанию каждые 300 секунд.
Попробуйте установить файл cookie для использования на всем сайте в файле config.php и посмотрите, не исчезнет ли проблема после этого. Не забудьте удалить куки браузера перед попыткой. В конце концов, попробуйте установить префикс
$config['cookie_domain'] = '.yoursite.com'; //Don't forget the dot before the sitename
$config['cookie_prefix'] = "your-cookie-prefix";