То есть место, где вы хотите найти хорошие решения проблем с MySQL, - Блог производительности Mysql / Percona . В частности, вы хотите использовать их XtraBackup , который устраняет ряд проблем, возникающих при оперативном резервном копировании InnoDB. Вам будет хорошо использовать их пропатченный сервер с их заменой InnoDB XtraDB .
Они интегрируют ряд сторонних исправлений для MySQL, в том числе свои собственные и от Google, и усовершенствовали механизм хранения InnoDB с помощью исправлений, улучшений и улучшенной регистрации. Кроме того, Percona спонсирует фантастический набор инструментов для MySQL под названием Maatkit , который предоставляет некоторые компоненты, которые помогут вам с резервными копиями и проверками целостности.