Вы можете либо изменить регулярное выражение, чтобы исключить файлы .ashx (что может быть очень сложно), либо создать новое правило перед этим правилом, которое будет перехватывать URL-адреса, указывающие на файлы Ashx, и перенаправлять их в строчную версию строки.
Примерно так может работать (не проверено):
<rewrite url="~/(?=(.*\.ashx.*))(.*[A-Z]+.*)" to="~/${lower($1)}" />
Он использует правило предпросмотра, чтобы проверить, является ли ".ashx" частью URL-адреса, и является ли URL-адрес прописным. Если да, он перенаправляет на строчную версию того же URL.