Похоже, что это ошибка в SDK App Engine - по крайней мере, она должна завершиться ошибкой. Я бы:
- Подайте отчет об ошибке в SDK App Engine и
- Напишите небольшой веб-скрипт App Engine, который удаляет ошибочную запись, и запустите его (что-то вроде хакерского способа удалить что-либо без использования консоли администратора).
В качестве альтернативы консоль App Engine включает панель, которая позволяет вводить произвольный код Python и запускать его на сервере. Я полагаю, что даже если вы не можете войти в средство просмотра данных, вы все равно можете войти в него, и вы можете просто ввести соответствующие команды Python.
В качестве альтернативы, вы можете просто удалить свое хранилище данных dev appserver (я думаю, запустить сервер приложений dev с --clear-datastore). Если вы достаточно вложены в содержимое своего хранилища данных разработки, вам, вероятно, следует получить несколько хороших примеров данных, чтобы удаление хранилища данных стало безболезненным упражнением.