Ваша задача build.war
выглядит виновной:
<war destfile="AutoComplete.war" webxml="WebContent/WEB-INF/web.xml">
<fileset dir="WebContent"/>
<lib dir="WebContent/WEB-INF/lib"/>
<classes dir="build/classes"/>
</war>
Первый вложенный <fileset>
извлекает все файлы из WebContent
в корень WAR.Затем вторая строка явно говорит, что все в WebContent/WEB-INF/lib
следует рассматривать как библиотеку (и, следовательно, копировать в WEB-INF/lib
внутри WAR).
Удаление одной из этих строк должно означать, что библиотеки будут скопированы один разесли вы хотите, чтобы все содержимое WebContent копировалось как есть в WAR, вы можете просто удалить строку <lib>
.