Конечно, вы можете программно поместить весь макет в ScrollView следующим образом:
LayoutInflater inflater = (LayoutInflater) context.getSystemService(Context.LAYOUT_INFLATER_SERVICE);
View view = inflater.inflate(R.layout.mylayout, null);
ScrollView scrollView = new ScrollView(this);
scrollView.addView(view);
setContentView(scrollView);