Конечно, вы можете развернуть поставщика членства MS в любую базу данных, которая вам нравится (при условии, что он использует SQL Server). Вы можете использовать инструмент командной строки aspnet_regsql.exe (находится в папке framework) для создания таблиц и процедур, используемых поставщиком членства. Вы не сможете использовать свои собственные таблицы без изменения хранимых процедур или написания собственного провайдера, но вы можете расширить таблицы (например, добавив внешние ключи в таблицу пользователей или добавив столбцы).
Я полагаю, что вы можете установить строку подключения в web.config и развернуть таблицы через веб-интерфейс, но я не совсем уверен в этом. Однако я абсолютно уверен, что после развертывания вы можете настроить существующую базу данных с помощью веб-инструмента, если настроите строку подключения.