Попробуйте List<string[]>
List<string[]> list=new List<string[]>();
for(int i=1;i<5;i++)
{
list.add(new string[45]);
}
Или
Dictionary<string,string[]> dictionary;
dictionary=new Dictionary<string,string[]>();
for(int i=1;i<=5;i++)
{
dictionary.add("string" + i,new string[45]);
}