Я использую ndk-gdb для отладки собственного кода (входит в состав NDK), и он работает довольно хорошо. Хороший пример того, как его использовать: здесь . Да, это еще одна запись блога, но в ней нет хакерского решения mumbo-jumo:)
Я не нашел никакой официальной документации, кроме ndk-gdb.html в папке docs NDK.