Используйте mysqlnd (собственный драйвер) для php.
Если вы используете Ubuntu:
sudo apt-get install php5-mysqlnd
sudo service apache2 restart
Если вы находитесь на Centos:
sudo yum install php-mysqlnd
sudo service httpd restart
Собственный драйвер возвращает целочисленные типы соответственно.
Edit:
Как указал @Jeroen, этот метод будет работать только из коробки для PDO.
Как указал @LarsMoelleken, этот метод будет работать с mysqli, если вы также установите для параметра MYSQLI_OPT_INT_AND_FLOAT_NATIVE значение true.
Пример:
$mysqli = mysqli_init();
$mysqli->options(MYSQLI_OPT_INT_AND_FLOAT_NATIVE, TRUE);