Я использую приведенный ниже запрос, который решает проблему, когда sqlite_sequence не имеет записи для таблицы (т.е. первая запись еще не была добавлена в таблицу), в противном случае она обновляет последовательность.
BEGIN TRANSACTION;
UPDATE sqlite_sequence SET seq = <n> WHERE name = '<table>';
INSERT INTO sqlite_sequence (name,seq) SELECT '<table>', <n> WHERE NOT EXISTS
(SELECT changes() AS change FROM sqlite_sequence WHERE change <> 0);
COMMIT;