Я обнаружил, что забыл добавить свои файлы библиотеки Zend в путь включения в главном файле index.php.Теперь раздел include файла index.php выглядит следующим образом:
// Ensure library/ is on include_path
set_include_path(implode(PATH_SEPARATOR, array(
realpath(APPLICATION_PATH . '/../library'),
// custom
'C:\ZendFramework-1.11.11\library',
get_include_path(),
)));