Это старый вопрос. У меня была такая же проблема при попытке отфильтровать обнуляемый столбец с помощью интерфейса IQueryable. Я решил проблему, сначала проверив, имеет ли объект значение, а затем проверив значение.
widgets = widgets.Where(x => x.ID.HasValue.Equals(true) && x.ID.Value.Equals(widgetID));