Что вы получаете, когда читаете переменные с автоинкрементом, используя:
SHOW VARIABLES LIKE 'auto_inc%'
Получаете ли вы значения, которые вы установили раньше?
обратите внимание, что если значение auto_increment_offset больше значения auto_increment_increment, значение auto_increment_offset игнорируется.
Прочтите Руководство