Почему бы просто не использовать назначение меню для управления модулями? Создайте пункты меню для различных страниц вашего компонента, затем назначьте модули по мере необходимости.
Проблема, с которой вы столкнетесь, пытаясь сделать так, как вы описываете, заключается в том, что вам придется анализировать HTML из-за порядка, в котором фреймворк создает страницу. По характеру Joomla вы не можете контролировать позиции модуля изнутри компонента. Это может быть сделано, но это будет очень грязно, особенно если учесть, что вы, вероятно, можете сделать то же самое с помощью назначений меню.