Ах да.Извините, я неправильно понял вашу проблему.
Ответ в том, что вы не можете.Это связано с тем, что файл setup.exe не устанавливает приложение напрямую.Пользователь может запустить Setup.exe, который проверяет, установлена ли на целевом компьютере правильная версия среды выполнения .NET Framework.Если нет, пользователю будет предложено загрузить среду выполнения с веб-сайта Microsoft и установить ее.Как только он удостоверится, что установлена необходимая среда выполнения, он вызывает MSI для установки программы.
Так что технически setup.exe - это исполняемый файл Microsoft, а не ваша.Вы уверены, что у ваших пользователей будет правильная версия CLR, которую вы можете получить, распространяя только MSI-файл