iTunes хранит свою библиотеку в виде XML-файла, поэтому, я полагаю, вы можете манипулировать этим непосредственно из Java.Конечно, вы должны быть осторожны с этим подходом, поскольку разные версии iTunes имеют разные форматы XML, и если вы аннулируете библиотеку, то все метаданные, хранящиеся в iTunes о дорожках в этой библиотеке, будут потеряны.