Это скорее проблема конфигурации сервера, чем что-либо еще. В основном, создайте 2 каталога на вашем производственном сервере, по одному для каждого приложения.
Если вы используете nginx и passenger, после успешного развертывания каждого приложения через capistrano, отредактируйте файл конфигурации nginx так, чтобы у каждого приложения был свой собственный блок, примерно такой:
server {
listen 80;
root <full_path_to_app_1>;
server_name <DNS name for app 1>;
passenger_enabled on;
}
server {
listen 80;
root <full_path_to_app_2>;
#the rest is about the same
}
Таким образом, ваш рабочий сервер будет поддерживать несколько приложений Rails. Документация о том, как все это настроить, обширна, так что вы сможете разобраться в деталях.