Я не знаю о NetBeans, но PhpStorm имеет функцию, которая позволяет загружать файлы, как только они переходят на сервер (через FTP или SSH).
У меня нет большого опыта работы с этой функцией, но, похоже, она работает хорошо. PhpStorm также может быть настроен для развертывания изменений, произошедших за пределами (кажется, что это происходит, как только он восстанавливает фокус). Также кажется, что правильно удаляются файлы, которые были удалены из проекта, поэтому это настоящая синхронизация, а не просто «загрузка».
Посмотрите, как настроить его в разделе «Чтобы PhpStorm автоматически загружал измененные файлы» здесь: http://www.jetbrains.com/phpstorm/webhelp/uploading-and-downloading-files.html