Вы хотите применить функцию.
(map #(apply foo %) '([1 2 3] [4 5 6]))
EDIT:
Поскольку вы упомянули, что не используете анонимную функцию, я отмечу, что вы можете легко сделать «отображаемую» версию функции foo с помощью некоторого простого состава функции.
(def mfoo (partial apply foo))
(map mfoo '([1 2 3] [4 5 6]))