Если вы выходите в Интернет через прокси-сервер, убедитесь, что вы настроили его в cygwin (используя export http_proxy = "..."), а затем убедитесь, что вы можете получить доступ к репозиториям maven с помощью maven.Я думаю, что leiningen использует maven за кулисами.