Настройте репозиторий (git init) в корне каталога, и вы не будете думать о таких проблемах.Просто добавьте изменения, которые отображает состояние git каждый раз, когда вы хотите обновить репозиторий, и нажмите.В любом случае, старайтесь не включать файлы .class - т.е. это бесполезно, поскольку авторы могут сами скомпилировать код.
В основном:
cd yourproject
git init
git add . (or git status to check before what to add)
git commit -m 'this is an example of a commit'
git remote add origin git@github.com:username/yourprojectnameingithub.git
git push origin master